Le parcours du rez-de-chaussée met en évidence les différentes étapes de l’évolution de Mâcon et du territoire de proximité depuis l’Antiquité.

Concernant la ville gallo-romaine, le musée présente une copie du célèbre Trésor de Mâcon comprenant huit statuettes d’époque romaine et un plat en argent découverts en 1764, achetés par un collectionneur anglais et exposés aujourd’hui au British Museum à Londres. Sont abordés les croyances et les rites funéraires (matériel de la nécropole des Cordiers), la vie quotidienne (statuette du soldat en corvée), le commerce, notamment celui du vin, et les relations avec le monde méditerranéen (trésors monétaires, mosaïque dite du gladiateur qui témoigne du goût du luxe et des contacts avec la Méditerranée).

Le rôle du pouvoir féodal sur les territoires limitrophes, les distances prises par l’aristocratie vis-à-vis du souverain, caractéristiques des mutations de l’an mil, sont soulignés à travers l’exemple des vestiges archéologiques de la motte castrale de Loisy, zone frontière entre le Royaume et l’Empire, qui ont mis en évidence la présence de garnisons destinées à protéger un site dont le potentiel économique est lié au commerce du sel. Le matériel archéologique découvert renseigne sur le quotidien d’une population guerrière tandis que certaines pièces d’un jeu d’échecs, remarquablement conservées, révèlent l’existence d’une aristocratie de haut rang.

Depuis le 11 octobre 2019, le parcours permanent s’enrichit d’une salle consacrée aux paysagistes régionaux de la fin du XIXe siècle et du début du XXe siècle qui met en avant l’engouement pour la peinture de paysage et l’évolution de sa représentation, du romantisme au réalisme, à travers des vues de la région mâconnaise et de la Bresse, jusqu’aux confins du Bugey.